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5c39e9d57f
74
.gitignore
vendored
Normal file
74
.gitignore
vendored
Normal file
@ -0,0 +1,74 @@
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# Created by https://www.toptal.com/developers/gitignore/api/java,maven,visualstudiocode
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# Edit at https://www.toptal.com/developers/gitignore?templates=java,maven,visualstudiocode
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### Java ###
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# Compiled class file
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*.class
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# Log file
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*.log
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# BlueJ files
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*.ctxt
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# Mobile Tools for Java (J2ME)
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.mtj.tmp/
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# Package Files #
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*.jar
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*.war
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*.nar
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*.ear
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*.zip
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*.tar.gz
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*.rar
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# virtual machine crash logs, see http://www.java.com/en/download/help/error_hotspot.xml
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hs_err_pid*
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replay_pid*
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### Maven ###
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target/
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pom.xml.tag
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pom.xml.releaseBackup
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pom.xml.versionsBackup
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pom.xml.next
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release.properties
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dependency-reduced-pom.xml
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buildNumber.properties
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.mvn/timing.properties
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# https://github.com/takari/maven-wrapper#usage-without-binary-jar
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.mvn/wrapper/maven-wrapper.jar
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# Eclipse m2e generated files
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# Eclipse Core
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.project
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# JDT-specific (Eclipse Java Development Tools)
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.classpath
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### VisualStudioCode ###
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.vscode/*
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!.vscode/settings.json
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!.vscode/tasks.json
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!.vscode/launch.json
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!.vscode/extensions.json
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!.vscode/*.code-snippets
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# Local History for Visual Studio Code
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.history/
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# Built Visual Studio Code Extensions
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*.vsix
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### VisualStudioCode Patch ###
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# Ignore all local history of files
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.history
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.ionide
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# Support for Project snippet scope
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.vscode/*.code-snippets
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# Ignore code-workspaces
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*.code-workspace
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# End of https://www.toptal.com/developers/gitignore/api/java,maven,visualstudiocode
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41
README.md
Normal file
41
README.md
Normal file
@ -0,0 +1,41 @@
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# BioFormatsImageInfo
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Metadata extraction tool based on Bio-Formats
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### Compile
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```shell
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mvn compile
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```
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### run
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```shell
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mvn exec:java -Dexec.mainClass=jp.riken.neurodata.tools.BioFormatsImageInfo -Dexec.args="'[path to image file]'"
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```
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### make jar package
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```shell
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|
mvn package
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```
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### run by jar
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|
```shell
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|
java -jar target\bioformats-imageinfo-1.0.0.jar [path to image file]
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|
```
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|
### run by class
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|
```java
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import java.util.LinkedHashMap;
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|
import java.util.Map;
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import jp.riken.neurodata.tools.BioFormatsImageInfo;
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import jp.riken.neurodata.tools.BioFormatsException;
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|
String path = "[path to image file]";
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String format = "";
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Map<String, Object> metadata = new LinkedHashMap<String, Object>();
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try {
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format = BioFormatsImageInfo.readMetadata(path, metadata));
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||||||
|
} catch (BioFormatsImageException e) {
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|
// error occured
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||||||
|
e.printStackTrace();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
```
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114
pom.xml
Normal file
114
pom.xml
Normal file
@ -0,0 +1,114 @@
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|||||||
|
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
|
||||||
|
|
||||||
|
<project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
|
||||||
|
xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 http://maven.apache.org/xsd/maven-4.0.0.xsd">
|
||||||
|
<modelVersion>4.0.0</modelVersion>
|
||||||
|
<groupId>jp.riken.neurodata.tools.BioFormatsImageInfo</groupId>
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||||||
|
<artifactId>bioformats-imageinfo</artifactId>
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||||||
|
<version>1.0.0</version>
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<name>bioformats-imageinfo</name>
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|
<url>https://neurodata.riken.jp</url>
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||||||
|
|
||||||
|
<properties>
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||||||
|
<project.build.sourceEncoding>UTF-8</project.build.sourceEncoding>
|
||||||
|
<maven.compiler.source>1.8</maven.compiler.source>
|
||||||
|
<maven.compiler.target>1.8</maven.compiler.target>
|
||||||
|
</properties>
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||||||
|
|
||||||
|
<dependencies>
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||||||
|
<dependency>
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||||||
|
<groupId>ome</groupId>
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||||||
|
<artifactId>bioformats_package</artifactId>
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||||||
|
<version>6.10.0</version>
|
||||||
|
<type>pom</type>
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||||||
|
</dependency>
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|
</dependencies>
|
||||||
|
|
||||||
|
<build>
|
||||||
|
<plugins>
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||||||
|
<plugin>
|
||||||
|
<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
|
||||||
|
<artifactId>maven-dependency-plugin</artifactId>
|
||||||
|
<version>3.3.0</version>
|
||||||
|
<executions>
|
||||||
|
<execution>
|
||||||
|
<id>copy-dependencies</id>
|
||||||
|
<phase>prepare-package</phase>
|
||||||
|
<goals>
|
||||||
|
<goal>copy-dependencies</goal>
|
||||||
|
</goals>
|
||||||
|
<configuration>
|
||||||
|
<outputDirectory>${project.build.directory}/libs</outputDirectory>
|
||||||
|
</configuration>
|
||||||
|
</execution>
|
||||||
|
</executions>
|
||||||
|
</plugin>
|
||||||
|
<plugin>
|
||||||
|
<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
|
||||||
|
<artifactId>maven-jar-plugin</artifactId>
|
||||||
|
<version>3.2.2</version>
|
||||||
|
<configuration>
|
||||||
|
<archive>
|
||||||
|
<manifest>
|
||||||
|
<addClasspath>true</addClasspath>
|
||||||
|
<classpathPrefix>libs/</classpathPrefix>
|
||||||
|
<mainClass>jp.riken.neurodata.tools.BioFormatsImageInfo</mainClass>
|
||||||
|
</manifest>
|
||||||
|
</archive>
|
||||||
|
</configuration>
|
||||||
|
</plugin>
|
||||||
|
<plugin>
|
||||||
|
<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
|
||||||
|
<artifactId>maven-assembly-plugin</artifactId>
|
||||||
|
<version>3.4.1</version>
|
||||||
|
<configuration>
|
||||||
|
<descriptorRefs>
|
||||||
|
<descriptorRef>jar-with-dependencies</descriptorRef>
|
||||||
|
</descriptorRefs>
|
||||||
|
<archive>
|
||||||
|
<manifest>
|
||||||
|
<mainClass>jp.riken.neurodata.tools.BioFormatsImageInfo</mainClass>
|
||||||
|
</manifest>
|
||||||
|
</archive>
|
||||||
|
</configuration>
|
||||||
|
<executions>
|
||||||
|
<execution>
|
||||||
|
<id>make-assembly</id>
|
||||||
|
<phase>package</phase>
|
||||||
|
<goals>
|
||||||
|
<goal>single</goal>
|
||||||
|
</goals>
|
||||||
|
</execution>
|
||||||
|
</executions>
|
||||||
|
</plugin>
|
||||||
|
</plugins>
|
||||||
|
</build>
|
||||||
|
|
||||||
|
<pluginRepositories>
|
||||||
|
<pluginRepository>
|
||||||
|
<id>central</id>
|
||||||
|
<name>Central Repository</name>
|
||||||
|
<url>https://repo.maven.apache.org/maven2</url>
|
||||||
|
<layout>default</layout>
|
||||||
|
</pluginRepository>
|
||||||
|
</pluginRepositories>
|
||||||
|
<repositories>
|
||||||
|
<repository>
|
||||||
|
<id>central</id>
|
||||||
|
<name>Central Repository</name>
|
||||||
|
<url>https://repo.maven.apache.org/maven2</url>
|
||||||
|
</repository>
|
||||||
|
<repository>
|
||||||
|
<id>unidata.releases</id>
|
||||||
|
<url>https://artifacts.unidata.ucar.edu/content/repositories/unidata-releases</url>
|
||||||
|
<snapshots><enabled>false</enabled></snapshots>
|
||||||
|
</repository>
|
||||||
|
<repository>
|
||||||
|
<id>ome</id>
|
||||||
|
<name>OME Artifactory</name>
|
||||||
|
<url>https://artifacts.openmicroscopy.org/artifactory/maven/</url>
|
||||||
|
</repository>
|
||||||
|
</repositories>
|
||||||
|
|
||||||
|
</project>
|
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@ -0,0 +1,12 @@
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|
package jp.riken.neurodata.tools;
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||||||
|
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||||||
|
public class BioFormatsImageException extends Exception {
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|
public BioFormatsImageException(String message) {
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super(message);
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}
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|
public BioFormatsImageException(Throwable cause) {
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||||||
|
super(cause.getMessage());
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||||||
|
}
|
||||||
|
}
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||||||
273
src/main/java/jp/riken/neurodata/tools/BioFormatsImageInfo.java
Normal file
273
src/main/java/jp/riken/neurodata/tools/BioFormatsImageInfo.java
Normal file
@ -0,0 +1,273 @@
|
|||||||
|
package jp.riken.neurodata.tools;
|
||||||
|
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|
import java.io.IOException;
|
||||||
|
import java.util.ArrayList;
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||||||
|
import java.util.Hashtable;
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||||||
|
import java.util.LinkedHashMap;
|
||||||
|
import java.util.List;
|
||||||
|
import java.util.Map;
|
||||||
|
|
||||||
|
import org.apache.commons.io.FilenameUtils;
|
||||||
|
|
||||||
|
import com.fasterxml.jackson.databind.ObjectMapper;
|
||||||
|
|
||||||
|
import loci.common.DebugTools;
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|
import loci.formats.FormatException;
|
||||||
|
import loci.formats.FormatTools;
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||||||
|
import loci.formats.IFormatReader;
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|
import loci.formats.ImageReader;
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|
import loci.formats.MetadataTools;
|
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|
import loci.formats.Modulo;
|
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|
import loci.formats.meta.MetadataRetrieve;
|
||||||
|
import loci.formats.meta.MetadataStore;
|
||||||
|
import loci.formats.tools.ImageInfo;
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||||||
|
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||||||
|
public class BioFormatsImageInfo {
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||||||
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||||||
|
protected static Map<String, Object> readImages(IFormatReader reader) throws FormatException, IOException {
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||||||
|
Map<String, Object> metadata = new LinkedHashMap<String, Object>();
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||||||
|
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||||||
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// read basic metadata
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int seriesCount = reader.getSeriesCount();
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metadata.put("count", seriesCount);
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MetadataStore ms = reader.getMetadataStore();
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|
MetadataRetrieve mr = ms instanceof MetadataRetrieve ? (MetadataRetrieve) ms : null;
|
||||||
|
for (int j = 0; j < seriesCount; j++) {
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||||||
|
reader.setSeries(j);
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||||||
|
Map<String, Object> seriesMetadata = new LinkedHashMap<String, Object>();
|
||||||
|
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||||||
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// read basic metadata for series #j
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||||||
|
int imageCount = reader.getImageCount();
|
||||||
|
int resolutionCount = reader.getResolutionCount();
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||||||
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||||||
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// output basic metadata for series #i
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||||||
|
String seriesName = mr == null ? null : mr.getImageName(j);
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if (seriesName != null) {
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||||||
|
seriesMetadata.put("name", seriesName);
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||||||
|
}
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||||||
|
|
||||||
|
// resolutions
|
||||||
|
if (resolutionCount > 1) {
|
||||||
|
Map<String, Object> resolutionsMetadata = new LinkedHashMap<String, Object>();
|
||||||
|
resolutionsMetadata.put("count", resolutionCount);
|
||||||
|
for (int i = 0; i < resolutionCount; i++) {
|
||||||
|
reader.setResolution(i);
|
||||||
|
resolutionsMetadata.put(String.format("resolution[%d]", i),
|
||||||
|
makeRectangle(reader.getSizeX(), reader.getSizeY()));
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||||||
|
}
|
||||||
|
seriesMetadata.put("resolutions", resolutionsMetadata);
|
||||||
|
reader.setResolution(0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
seriesMetadata.put("imageCount", imageCount);
|
||||||
|
seriesMetadata.put("RGB", new Object[] { reader.isRGB(), reader.getRGBChannelCount() });
|
||||||
|
seriesMetadata.put("interleaved", reader.isInterleaved());
|
||||||
|
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||||||
|
// indexed
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||||||
|
{
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||||||
|
List<Object> indexed = new ArrayList<Object>();
|
||||||
|
indexed.add(reader.isIndexed());
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||||||
|
indexed.add(String.format("%b color", !reader.isFalseColor()));
|
||||||
|
byte[][] table8 = reader.get8BitLookupTable();
|
||||||
|
if (table8 != null) {
|
||||||
|
indexed.add(
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||||||
|
String.format("8-bit LUT: %d x %s", table8.length, table8[0] == null ? "null" : "" + table8[0].length));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
short[][] table16 = reader.get16BitLookupTable();
|
||||||
|
if (table16 != null) {
|
||||||
|
indexed.add(String.format("16-bit LUT: %d x %s", table16.length,
|
||||||
|
table16[0] == null ? "null" : "" + table16[0].length));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
seriesMetadata.put("indexed", indexed);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
seriesMetadata.put("sizeX", reader.getSizeX());
|
||||||
|
seriesMetadata.put("sizeY", reader.getSizeY());
|
||||||
|
int sizeZ = reader.getSizeZ();
|
||||||
|
seriesMetadata.put("sizeZ", makeDimension(sizeZ, sizeZ, reader.getModuloZ()));
|
||||||
|
seriesMetadata.put("sizeC", makeDimension(reader.getSizeC(), reader.getEffectiveSizeC(), reader.getModuloC()));
|
||||||
|
int sizeT = reader.getSizeT();
|
||||||
|
seriesMetadata.put("sizeT", makeDimension(sizeT, sizeT, reader.getModuloT()));
|
||||||
|
seriesMetadata.put("tileSize", makeRectangle(reader.getOptimalTileWidth(), reader.getOptimalTileHeight()));
|
||||||
|
seriesMetadata.put("thumbnailSize", makeRectangle(reader.getThumbSizeX(), reader.getThumbSizeY()));
|
||||||
|
seriesMetadata.put("endianness", reader.isLittleEndian() ? "little" : "big");
|
||||||
|
seriesMetadata.put("dimensionOrder",
|
||||||
|
new String[] { reader.getDimensionOrder(), reader.isOrderCertain() ? "certain" : "uncertain" });
|
||||||
|
seriesMetadata.put("pixelType", FormatTools.getPixelTypeString(reader.getPixelType()));
|
||||||
|
seriesMetadata.put("validBitsPerPixel", reader.getBitsPerPixel());
|
||||||
|
seriesMetadata.put("metadataComplete", reader.isMetadataComplete());
|
||||||
|
seriesMetadata.put("thumbnailSeries", reader.isThumbnailSeries());
|
||||||
|
|
||||||
|
// plane
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||||||
|
{
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||||||
|
int[] indices;
|
||||||
|
if (imageCount > 6) {
|
||||||
|
int q = imageCount / 2;
|
||||||
|
indices = new int[] { 0, q - 2, q - 1, q, q + 1, q + 2, imageCount - 1 };
|
||||||
|
} else if (imageCount > 2) {
|
||||||
|
indices = new int[] { 0, imageCount / 2, imageCount - 1 };
|
||||||
|
} else if (imageCount > 1) {
|
||||||
|
indices = new int[] { 0, 1 };
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
indices = new int[] { 0 };
|
||||||
|
}
|
||||||
|
int[][] zct = new int[indices.length][];
|
||||||
|
int[] indices2 = new int[indices.length];
|
||||||
|
for (int i = 0; i < indices.length; i++) {
|
||||||
|
zct[i] = reader.getZCTCoords(indices[i]);
|
||||||
|
indices2[i] = reader.getIndex(zct[i][0], zct[i][1], zct[i][2]);
|
||||||
|
Map<String, Object> planeMetadata = new LinkedHashMap<String, Object>();
|
||||||
|
planeMetadata.put("Z", zct[i][0]);
|
||||||
|
planeMetadata.put("C", zct[i][1]);
|
||||||
|
planeMetadata.put("T", zct[i][2]);
|
||||||
|
if (indices[i] != indices2[i]) {
|
||||||
|
planeMetadata.put("[mismatch]", indices2[i]);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
seriesMetadata.put(String.format("plane[%d]", indices[i]), planeMetadata);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
metadata.put(String.format("series[%d]", j), seriesMetadata);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return metadata;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
protected static Map<String, Object> readAnnotations(IFormatReader reader) {
|
||||||
|
Map<String, Object> metadata = new LinkedHashMap<String, Object>();
|
||||||
|
// global metadata
|
||||||
|
Hashtable<String, Object> globalMetadata = reader.getGlobalMetadata();
|
||||||
|
for (String key : MetadataTools.keys(globalMetadata)) {
|
||||||
|
metadata.put(key, globalMetadata.get(key));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
// original metadata
|
||||||
|
int seriesCount = reader.getSeriesCount();
|
||||||
|
for (int j = 0; j < seriesCount; j++) {
|
||||||
|
reader.setSeries(j);
|
||||||
|
Hashtable<String, Object> seriesMagedata = reader.getSeriesMetadata();
|
||||||
|
if (!seriesMagedata.isEmpty()) {
|
||||||
|
Map<String, Object> seriesMetadata = new LinkedHashMap<String, Object>();
|
||||||
|
String[] keys = MetadataTools.keys(seriesMagedata);
|
||||||
|
for (int i = 0; i < keys.length; i++) {
|
||||||
|
seriesMetadata.put(keys[i], seriesMagedata.get(keys[i]));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
metadata.put(String.format("series[%d]", j), seriesMetadata);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return metadata;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
protected static Object makeDimension(int size, int effSize, Modulo modulo) {
|
||||||
|
int mLength = modulo.length();
|
||||||
|
if (size == effSize && mLength == 1) {
|
||||||
|
return size;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
List<Object> ret = new ArrayList<Object>();
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ret.add(size);
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if (size != effSize) {
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ret.add(String.format("(effectively %d)", effSize));
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}
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if (mLength != 1) {
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|
ret.add(String.format("(%d %s x %d %s)", size / mLength, modulo.parentType, mLength, modulo.type));
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}
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return ret;
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|
}
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protected static LinkedHashMap<String, Object> makeRectangle(int width, int height) {
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LinkedHashMap<String, Object> ret = new LinkedHashMap<String, Object>();
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ret.put("width", width);
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||||||
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ret.put("height", height);
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return ret;
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}
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protected static String getJsonString(Map<String, Object> map) {
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ObjectMapper mapper = new ObjectMapper();
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String json = null;
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try {
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json = mapper.writeValueAsString(map);
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// json = mapper.writerWithDefaultPrettyPrinter().writeValueAsString(map);
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} catch (Exception e) {
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// return "null" if conversion error occured
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json = "null";
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}
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return json;
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}
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public static String readMetadata(String path, Map<String, Object> metadata) throws BioFormatsImageException {
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if (FilenameUtils.getExtension(path).toLowerCase().equals("zip")) {
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// ignore if file is zip archive
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throw new BioFormatsImageException("Zip is not supported");
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}
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String format = "";
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ImageInfo info = new ImageInfo();
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IFormatReader reader = new ImageReader();
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try {
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// info.parseArgs(new String[] { path, "-nopix", "-noflat", "-omexml" });
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||||||
|
info.parseArgs(new String[] { path, "-nopix", "-noflat" });
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info.setReader(reader);
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info.mapLocation();
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info.configureReaderPreInit();
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// initialize reader
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reader.setId(path);
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format = reader.getFormat();
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info.configureReaderPostInit();
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info.checkWarnings();
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// info.printOMEXML();
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// info.readCoreMetadata();
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metadata.put("images", readImages(reader));
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info.initPreMinMaxValues();
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reader.setSeries(0);
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|
reader.setResolution(0);
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// info.printGlobalMetadata();
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// info.printOriginalMetadata();
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metadata.put("annotations", readAnnotations(reader));
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} catch (Exception e) {
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throw new BioFormatsImageException(e);
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} finally {
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if (reader != null) {
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try {
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reader.close();
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} catch (IOException e) {
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throw new BioFormatsImageException(e);
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}
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}
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}
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return format;
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}
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// -- Main method --
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public static void main(String[] args) {
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boolean status = true;
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String message = "";
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String format = "";
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Map<String, Object> metadata = new LinkedHashMap<String, Object>();
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if (args.length != 1) {
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status = false;
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message = "filename argument required";
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} else {
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try {
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DebugTools.enableLogging("ERROR");
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format = readMetadata(args[0], metadata);
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} catch (BioFormatsImageException e) {
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|
status = false;
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metadata.clear();
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message = e.getMessage();
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}
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}
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Map<String, Object> results = new LinkedHashMap<String, Object>();
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results.put("status", status);
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results.put("message", message);
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|
results.put("format", format);
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|
results.put("metadata", metadata.isEmpty() ? null : metadata);
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|
System.out.println(getJsonString(results));
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if (!status) {
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System.exit(1);
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}
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}
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}
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